Nació en Pedroche entre 1.515 y 1.520. Se alistó entre los soldados del emperador Carlos V, donde recorre Flandes e Italia. En 1.538, formando parte de la expedición de don Gonzalo Jiménez de Quesada, entra en tierras de América. A las órdenes del célebre Luis de Manjarrés, ya en 1.542, interviene heroicamente en la pacificación de Segua y en la defensa de la villa de Mompós. Y siendo Regidor de Vélez acude por dos veces al Perú en julio y noviembre de 1.542, en ayuda del licenciado Gasca que lucha contra Gonzalo Pizarro. De nuevo en Vélez el capitán Fernández Contreras ha de acudir a sofocar la insurrección de 20.000 indios de la provincia de Guane. Es entonces cuando, en Pore, recibe una herida de flecha envenenada en el pecho y otra de dardo en la pierna derecha que lo ponen a las puertas de la muerte. Interviene en la fundación de Pamplona en 1.549 y se alista en la expedición que pretende el descubrimiento del Dorado. Espíritu inquieto, traba amistad con el también capitán Juan Maldonado y ambos se encuentran en 1.558 en la fundación de la villa de San Cristóbal. Sublevado Lope de Aguirre contra el rey de España, los capitanes Fernández Contreras y Maldonado logran apresar a Llamoso, jefe de la artillería de Aguirre que es ejecutado como traidor por la Justicia de Pamplona. Teniente de Corregidor de la ciudad de Pamplona, se dedica a la exploración de las tierras descubiertas cuando la guerra se lo permite. Visita todo el territorio de su jurisdicción. Fruto de cinco años continuos de correrías, de 1.565 a 1.570, es el descubrimiento del puerto de Chingalé, a orillas del río Magdalena en la provincia de los Cárates. En la búsqueda de una ruta que por el noroccidente del territorio conquistado, con asiento poblacional español en la enclaustrada Nueva Pamplona permitiera a ésta una comunicación más grande con el Río grande de la Magdalena y con Santa Marta y así evitar el largo, difícil y tortuoso camino que les hacía abismal la distancia con la madre Patria, correspondió al Capitán Francisco Fernández de Contreras, por orden y mando de don Ortún de Velazco y con la anuencia de la Real Audiencia que ordenó ponerse al frente de lo mejor de su tropa y explorar más a fondo el territorio habitado por los hostiles indios Carates que en el segundo tercio de su siglo había sido incursionado y sin mayores éxitos por la Tolosa y Ambrosio Alfínger, el Tudesco. Le acompañaban en su odisea los probados y bizarros tenientes: Juan Lorenzo, Diego Paez de Soto Mayor,
Gaspar Barbosa de Maris, Andrés de Acevedo, Alonso López, Juan de Ortega y Juan Moñino y los hombres de la aguerrida tropa y con él había puesto silencio a Lope de Aguirre, aquel paranoico español que, en fiebre de grandeza, desafió al Imperio y que en los territorios por donde pasó su furia se le conocía como la "ira de Dios". Habiendo vencido las dificultades que le opuso la agreste topografía y superada en contienda la continuada e inclemente arremetida de los indios Carates, ingresó al fin al pacífico territorio habitado por los indios Hacaritamas. Impresionado por el hermoso valle que contempló, y percatado de lo benigno de su clima y la calidad de la vida que podría desarrollarse en él, rancheó con su tropa el 26 de julio de 1570. El 7 de noviembre se trazaron los linderos y las calles de la nueva ciudad. Luego de inspeccionar el lugar y dado el trato amable de los aborígenes, se dispuso a fundar y así lo hizo, la Villa de Ocaña, el 14 de diciembre de 1570. Fray Fermín de los Reyes, con una ceremonia sencilla, bendecía una tosca iglesia hecha de barro y paja. Cinco años más tarde y por cédula real, Ocaña, la fundada en honor del Presidente Venero de Leiva, gobernante en la época de la Nueva Granada y quien era oriundo de la ciudad homónima en la Península, adquirió el título de ciudad, lo que indica la importancia que tuvo para los españoles. Infatigable en su afán de explorar tierras, una nueva travesía por el río Magdalena deparó al capitán el descubrimiento del llamado Puerto Nuevo. Con él se mejoraban las comunicaciones desde el mar al interior de la provincia sin tener que atravesar terrenos pantanosos. Fue posible viajar desde la costa hasta las ciudades de Santa Fe y de Tunja, llevando a lomos de caballería toda clase de mercancías. Se salvaba así la vida a innumerables indios empleados hasta entonces en el transporte y que sucumbían en oficio tan humillante. En premio de sus servicios se le concedió la alcaldía perpetua de Ocaña y los derechos sobre el puerto. En 1.575 ostentaba los cargos de teniente de Gobernador y de Capitán General. Era al mismo tiempo presidente del muy ilustre Cabildo, Justicia y Regimiento. Las huellas de su vida se pierden a la vuelta de un viaje a Santa Marta. Se había casado don Francisco con doña Isabel de Rojas, natural de Cuenca. Tuvo los siguientes hijos:

1. Lorenzo Fernández de Rojas, dueño del Portazgo de Ocaña para si y sus herederos, por título que le dio la Real Audiencia de Santa Fe el año de 1583. Encomendero en términos de la ciudad de Pamplona de los indios Sentimali, Rabicha y Cachagua. Estaba casado con Beatriz Carrillo de Cuellar, hija legítima de Alonso Carrillo y de Beatriz de Cuellar. Tuvieron 13 hijos.
2. Francisco Fernández de Rojas, (segundo del nombre), casó con doña María de Palencia, hermana del Capitán Nicolás de Palencia, de Teresa de Palencia y de doña Ana de Palencia, hijos estos de Nicolás de Palencia uno de los primeros descubridores, conquistadores de Cupagua y de la Margarita donde sufrió varias heridas y la pérdida de un ojo, una vez pacificada, pasó a la provincia de Venezuela y ayudó a poblar las ciudades de Tocuyo y otras y de allí vino al descubrimiento del Nuevo Reino de Granada con el General Nicolás de Federman. El Capitán Nicolás de Palencia fue encomendero de Uchoma, Camia o Sulfas que habían quedado vacantes por muerte de su suegro Juan del Rincón, por título del 13 de septiembre de 1611. De su matrimonio tuvo 9 hijos. Su hermana doña Teresa de Palencia estaba casada con Pedro Rodríguez Gordillo, Capitán en el Espiritu Santo de Gruta y poblador de Ocaña, de quienes fue hijo Andrés Gordillo de Palencia, encomendero de Pamplona, Tona, Teicaquima y la Caldera, por título de 22 de enero de 1625, habiendo quedado vancantes por muerte de Nicolás Rodríguez Camacho. La otra hermana, doña Ana de Palencia mujer de Diego Jovel Suárez, cuyo hijo fué Lorenzo Jovel de Moncada, marido de doña Leonor Cortés de Azevedo, padres de Marcos Jovel, el mayor y otros. Este Marcos Jovel fue encomendero de Gomara y Pisacuta en nueva encomienda por despacho de 18 de mayo de 1647, que había vacado por muerte de su padre, quien había sido, a la vez, sucesor del suyo en la misma encomienda. Don Francisco Fernández de Rojas tuvo 2 hijos en el primer matrimonio. Luego volvió a casar con doña María de la Cruz y tuvo 7 hijos más.
3. Juan Fernández de Rojas casó con doña Catalina Estevan, padres de Juan Fernández de Rojas, bautizado en Mérida donde fue escribano público y de cabildo, fue Alcalde Ordinario. Casó primero con doña Leonor Rangel, quien murió en el año de 1641, era hija de Martín de Zurbarán natural del Señorío de Viscaya y de Leonor Rangel, su mujer. Casó en segundas nupcias en el mismo año que enviudó con doña Lucía Albarrán de la Torre, hermana de Bartolomé Sanchez de Albarrán y Torre, presbítero; hijos legítimos de Fernando de Albarrán y Torre, natural de Usagre en Estremadura y de Juana Rodríguez de Fuenliana, nacida en Mérida de la Grita, hija legítima del Capitán Gonzalo Sánchez Osorio, Conquistador de la ciudades del Espiritu Santo de la Grita, Mérida, Barinas y Pedraza, donde fue encomendero y de Isabel González de la Parra. Juan Fernández de Rojas de sus dos matrimonios tuvo cinco hijos en el primero y 7 en el segundo.
4. Doña Ana de Rojas casó con Pedro Camacho y en segundas nupcias con Francisco Martínez de Espinosa, cuyo apellido se tomó del nombre del Valle y Villa de Espinosa de los Monteros. Del segundo matrimonio hubo cuatro hijas, doña Gerónima, doña Ana, Doña Catalina y doña Francisca.
5. Doña María de Rojas casó con Gerónimo Camacho, de cuyo apellido se trata en otra parte y tuvieron hijos a: Doña Francisca Peraza de Rojas, esposa de Luis del Rincón Rangel.
6. Doña Juana de Rojas casó en primeras nupcias con Hernando Carrillo, hijo legítimo y mayor de Alonso Martín Carrillo y de Beatriz de Cuellar. Era Alonso Martín Carrillo de los que entraron al Nuevo Reino de Granada con el Gobernador Gerónimo Lebrón y ayudó a su conquista y a la de la Provincia de Pamplona, donde obtuvo por título de 10 de febrero de 1550 la encomienda de Boga o Bochalema y Operoma, que gozó por más de cincuenta años y las que sucedió su nieto Alonso Carrillo, hijo de doña Juana, según título de 26 de Marzo de 1601. Fueron padres doña Juana y don Hernando Carrillo de Alonso, ya nombrado, Isabel mujer de Francisco Polentinos de Sotomayor, encomendero de Suratá en Pamplona. En segundas nupcias, doña Juana casó con don Francisco de Morante y tuvieron como hijos a: Eugenio, Hernando, Francisco, Juan, Laureana, Mencia y doña N. Morante.
7. Doña Isabel de Rojas casó con Francisco de Abril, Encomendero de Carapués y la Sal en Mérida y en segundas nupcias con Luis de Trejo. De ninguno tuvo hijos.
8. Doña Francisca de Rojas casó con Leonardo de Acosta, Encomendero en la Villa de San Cristobal y no tuvieron sucesión. En segundas nupcias contrajo matrimonio con el Capitán Pedro Gómez de Orozco (el Mozo), quien era hijo de Pedro Gómez de Orozco (el Viejo), uno de los primeros Descubridores, Conquistadores y pobladores del Nuevo Reino de Granada quien llegó con el General don Gonzálo Jimenez de Quesada y contribuyó a las fundaciones, especialmente de Santa Fe, Tunja, Pamplona, Muzo, Mérida y Ocaña; Encomendero de Cáchira en la ciudad de Pamplona.